Bakteerikanta

Bakteerikanta on bakteerien lajien sisällä geneettisesti erottuva linja, jolla on yhteisiä ominaisuuksia ja jonka perimä eroaa muista kantakannoista. Kanta voi esiintyä useina kloneina ja osoittaa fenotypillisia eroja, kuten virulenssissa, metabolisissa kyvyissä tai antibioottikestävyyksissä. Lajin sisällä voi olla useita kantoja, joilla on erilaiset fenotypit ja genotyypit.

Nimitys ja tallennus: Kanta määritellään usein viite- tai tyyppikantana. Tyyppikanta on lajityypin edustaja, jota käytetään kirjallisuudessa ja vertailuissa. Kantoja voidaan olla kliinisistä isolaatioista, ympäristötilanteista tai laboratorioista. Monia kantoja säilytetään kulttuurikokoelmissa, kuten ATCC (American Type Culture Collection) tai DSMZ.

Merkitys: Kantojen geneettinen ja fenotyyppinen variation on tärkeä kliinisessä diagnostiikassa, tutkimuksessa ja epidemiologiassa. Eri kannot voivat poiketa toisistaan esimerkiksi virulenssissa, kudosalueiden sopeutumisessa tai antibioottikestävyyksissä, ja tyypitys auttaa seuraamaan tartuntaketjuja sekä ymmärtämään epidemioita.

Tyypitys ja menetelmät: Kantojen luokittelussa käytetään sekä fenotyyppisiä että genotyyppisiä menetelmiä, kuten MLST (multilocus sequence typing), ribotyyppaus sekä kokonaisgenomin sekvenointi (WGS). Näitä käytetään erottamaan läheisesti toisiaan muistuttavat kantat ja seuraamaan kantojen välistä vaihtelua.

Esimerkkejä: Mallikantoja käytetään tutkimuksessa, kuten Escherichia coli K-12 ja Bacillus subtilis 168. Patogeeneissä tunnettuja kantoja ovat Staphylococcus aureus USA300 ja Mycobacterium tuberculosis H37Rv.