Aminohapposekvenssit

Aminoohapposekvenssit ovat proteiinien ja peptideiden aminohappojen tarkka järjestys. Ne muodostavat peptidisitein, joka linkittää aminohapot toisiinsa ja muodostaa polypeptidiketjun. Tällä primaarirakenteella on keskeinen merkitys proteiinin toiminnalle ja ominaisuuksille.

Aminohapposekvenssit voivat esittää standardoitua kieltä. On olemassa 20 standardia aminohappoa, joita käytetään proteiinien rakentamiseen. Niillä on sekä kolmen kirjaimen että yhden kirjaimen koodeja: esimerkiksi Ala (A), Arg (R), Asn (N), Asp (D), Cys (C), Glu (E), Gln (Q), Gly (G), His (H), Ile (I), Leu (L), Lys (K), Met (M), Phe (F), Pro (P), Ser (S), Thr (T), Trp (W), Tyr (Y) ja Val (V).

Aminohapposekvenssit ovat peräisin geenien DNA-sekvensseistä. Geenin informaatio muunnetaan RNA:ksi ja lopulta translatoidaan ribosomeissa aminohapposekvensseiksi. Näin sekvenssien variaatiot voivat johtaa proteiinien rakenteen ja toiminnan muutoksiin.

Sekvenssianalyysi on keskeistä bioinformatiikassa. Se sisältää toistensa kanssa samankaltaisten sekvenssien etsimisen (tunnistus homologiasta), motifien löytämisen ja rakenteen sekä toiminnan ennustamisen. Se on tärkeää evoluution tutkimuksessa sekä proteiinien toiminnan ja rakenteen ymmärtämisessä ja proteiinien suunnittelussa.

Tietokannat ja työkalut tallentavat ja tarjoavat pääsyn aminohapposekvensseihin. Esimerkkejä ovat yleisesti käytetyt bioinformatiikkaresurssit, kuten UniProt, GenBank ja muut proteiinien tai genomien tietokannat. Post-translatoidiset muokkaukset, kuten fosforylaatio tai glykoositutokset, voivat muuttaa proteiinin loppullista toiminnallista rakennetta ilman, että perussekvenssi muuttuu.