transkriptomimateriaalia

Transkriptomimateriaalia koskeva artikkeli määrittelee sen, mitä termillä tarkoitetaan. Transkriptomimateriaali on solun, kudoksen tai organismin tiettynä ajankohtana ilmentyneiden RNA-transkriptioiden kokonaisuus. Se kattaa sekä koodaavat että ei-koodaavat RNA-molekyylit, kuten mRNA, rRNA, tRNA sekä pienet ja suuret ei-koodaavat RNA-molekyylit (esimerkiksi miRNA ja lncRNA). Transkriptomimateriaali heijastaa solun geneettisen ilmaisun tilan ja sen muutoksia useissa fysiologisissa tai patologisissa oloissa.

Näytteen hankinta ja valmistelu ovat keskeisiä vaiheita. RNA eristetään yleensä kudoksista tai soluista, ja näytteen laatu sekä RNA:n rakeisuus varmistetaan ennen analyysiä. Yleisiä lähestymistapoja ovat poly(A)-valinta tai rRNA-poisto, jotta mRNA- tai muun interest-kamaa voidaan analysoida tehokkaasti. Tietyn tavan valinta riippuu tutkittavasta ongelmasta ja halutusta transkriptomisen materiaalin näkökulmasta. Transkriptomimateriaalia voidaan analysoida useilla tekniikoilla, joista RNA-seq on yleisin: se tuottaa lukumäärä- tai suhteellisia ilmentymäarvoja transkriptikohtaisesti tai genotason tasolla.

Käyttökohteita ovat differeniaalinen ilmentymä, uusientranskriptien löytö ja isaformien tutkimus, samoin kuin biomarkkerien ja hyödyntämiskelpoisten polkujen kartoitus. Tulokset vaativat huolellista bioinformatiikan käsittelyä, normalisointia ja tulkintaa sekä huomioon otettavaa näytemuotoa ja heterogeenisuutta. Transkriptomimateriaali tallennetaan usein julkisiin tietokantoihin, kuten GEO tai SRA, mikä mahdollistaa uudelleenkäytön ja vertailun eri tutkimusten välillä.