syväluotaussekvensointi

Syväluotaussekvensointi, tunnetaan myös nimellä syväsekvensointi tai uuden sukupolven sekvensointi (NGS), on tehokas tekniikka DNA:n ja RNA:n nukleotidijärjestyksen määrittämiseksi suurissa mittakaavoissa. Se eroaa perinteisestä Sanger-sekvensoinnista mahdollistamalla miljoonien tai miljardien DNA-fragmenttien samanaikaisen sekvensoinnin. Tämä massiivinen rinnakkaisuus vähentää merkittävästi kustannuksia ja nopeuttaa prosessia, mikä on mullistanut genetiikan tutkimuksen ja sovellukset.

Syväluotaussekvensoinnin perusperiaatteena on fragmentoida DNA tai RNA ja liittää siihen erityisiä adapterisekvenssejä. Nämä fragmentit immobilisoidaan sitten kiinteälle alustalle, kuten mikropalaan tai helmiin. Kukin fragmentti monistetaan useita kertoja, jotta saadaan riittävä signaali sekvensointivaiheessa. Varsinainen sekvensointi tapahtuu usein liittymiskemian avulla, jossa fluoresenssilla merkittyjä nukleotidejä lisätään ja kameralla tallennetaan, mistä kohdasta ja mitä nukleotidia liittyy. Jokaisen sekvensointikierroksen jälkeen signaalit analysoidaan ja muodostetaan lopullinen sekvenssi.

Syväluotaussekvensoinnin sovellukset ovat laajat. Sitä käytetään genomin laajuisessa assosiaatiotutkimuksessa tautien geneettisten perussyiden tunnistamiseksi, yksilöllistetyssä lääketieteessä potilaiden hoitoon vaikuttavien geneettisten tekijöiden selvittämiseksi, syövän tutkimuksessa kasvaimen mutaatioiden karakterisoimiseksi sekä mikrobiologiassa mikrobiyhteisöjen monimuotoisuuden tutkimiseen. Myös epigenetiikan ja transkriptomiikan tutkimuksessa se on korvaamaton työkalu.