populasjonsstrukturanalyse

Populasjonsstrukturanalyse er en gren av befolkningsgenetikk og demografi som studerer hvordan genetisk variasjon fordeler seg mellom undergrupper i en større befolkning. Målet er å identifisere og beskrive genetiske underpopulasjoner, spore tidligere migrasjon og innvandring, og kartlegge mønstre av genetisk differensiering som følge av drift, genflyt og assortativ paring. Resultatene kan brukes til å tolke slike forhold og til å korrigere for struktur i videre studier.

Metoder og data: Analysen baseres ofte på genom- eller genotypedata (SNP-er, microsatellitter). Vanlige verktøy inkluderer hovedkomponentanalyse (PCA) for visualisering av genetiske mønstre, og klustringsbaserte modeller som STRUCTURE og ADMIXTURE for å estimere andeler av opphav blant individer. F-statistikker som Fst måler differensiering mellom populasjoner. Haplotypebaserte metoder som fineSTRUCTURE, ChromoPainter og TreeMix kan gi detaljer om forhold mellom grupper og migrasjonsveier. Modeller for demografiske hendelser (for eksempel flaskehalse eller grunnlegger-effekter) brukes også.

Anvendelser: Innen medisin og biovitenskap bidrar populasjonsstrukturanalyse til å redusere feilkilder i genomprosjekter og GWAS ved å justere for stratifikasjon. Den brukes i bevaringsøkologi, husdyr- og avlsprogrammer, og i antropologi og arkeogenetikk for å rekonstruere menneskelig migrasjon og historie.

Begrensninger: Resultater avhenger av datamengde og representativitet, antagelser i modellene, og kan være utfordrende å tolke når populasjoner blandes eller har lite genetisk differensiering. Det bør kombineres med uavhengige kilder for historiske tolkninger.