nlmixrpaketteja

nlmixrpaketteja tarkoittaa nlmixr-sarjan avoimen lähdekoodin R-paketteja, jotka on suunnattu populaatiofarmakometristen (pharmacometric) mallien rakentamiseen ja estimointiin. Niiden tavoitteena on tukea ei-lineaaristen sekoitettujen vaikutusten malleja (NLME), estimointia parametriselta ja varianssipuolelta sekä simulointeja erilaisten skenaarioiden arvioimiseksi. Ekosysteemi koostuu useista toisiinsa liittyvistä paketeista, joita käytetään yhdessä R-ympäristössä.

Peruspaketti nlmixr (klassinen) tarjoaa työkalut mallin määrittämiseen, estimointiin ja diagnostiikkaan. Mallit voivat olla differensiaaliyhtälöihin tai algebraalisiin suhteisiin perustuvia, ja estimointiin käytetään erilaisia menetelmiä kuten FOCE, FOCEi sekä SAEM-tyyppiset lähestymistavat. Datan valmistelu noudattaa tyypillisiä PK/PD -kenttiä (esim. ID, TIME, DV).

Uudempi nlmixr2 -versio on suunniteltu nopeammaksi ja käyttäjäystävällisemmäksi; se parantaa integraatiota muiden työkalujen kanssa ja tukee nykyaikaisempaa ohjelmointi- ja koodausmallia sekä yhteensopivuutta RxODE:n ja mrgsolve:n kanssa, mikä tehostaa sekä simulointia että mallien uudelleenkäyttöä.

Ekosysteemiin liittyvät lisäksi RxODE, joka tarjoaa ODE-ratkaisutapoja mallien simulaatioon, sekä mrgsolve, joka on erikoistunut farmakometristen simulointien tuottamiseen. Näiden työkalujen avulla käyttäjät voivat toteuttaa monimutkaisia PK/PD-skenaarioita, suorittaa monte-carlo-simulointeja ja optimoida suunnittelua.

Jakelu tapahtuu CRANiin sekä GitHubiin, ja dokumentaatio sekä käyttöesimerkit ovat saatavilla projektin sivuilla. nlmixr-pakettien käyttö vaatii perusosaamista R:stä ja tilastollisista malleista; yhteisö tukee ongelmatilanteita ja kehitystä, ja uusia versioita julkaistaan aktiivisesti.