molekylärdynamiksimuleringar
Molekylärdynamik (MD) är en beräkningsmetod inom kemi, biologi och materialvetenskap som studerar hur atomer och molekyler rör sig över tid. I MD modelleras varje atom som en partikel med massa och låter sig röra sig enligt Newtons andra lag, under påverkan av krafter som härrör från en potentialenergifunktion. Denna funktion beskriver kemiska bindningar, vinklar, torsioner samt van der Waals- och elektrostatik krafter. Klassiska MD använder empiriska force fields som CHARMM, AMBER eller OPLS; ab initio MD behandlar elektronernas rörelse kvantmekaniskt.
En typisk MD-process innefattar att sätta upp systemet, välja en lämplig force field, göra en energiminimering,
Beräkningsaspekter: vid långa system används periodic boundary conditions för att modellera bulkflöde; långtgående elektrostatik hanteras vanligtvis
Användningsområden inkluderar protein- och liganddynamik, membranfysiologi och materialegenskaper; MD ger atomistisk tidsupplöst information om dynamik men