isoformlar

Isoformlar, aynı gen tarafından üretilen ancak yapısal veya fonksiyonel olarak farklı olan protein veya RNA formlarını ifade eder. Bir genin farklı izleklerden transkriptler üretebilmesi, farklı başlangıç noktaları kullanması, alternatif olarak eklenmiş veya çıkarılmış egzomlar içermesi gibi mekanizmalar isoformların oluşmasına yol açar. Bu bağlamda mRNA isoformları ile protein isoformları ayrı kategoriler olarak ele alınır; bazı durumlarda bir mRNA pek çok farklı protein üretir.

Ana mekanizmalar arasında alternatif splicing, alternatif promotor kullanımı ve alternatif poliadenilasyon bulunur. Alternatif splicing, pre-mRNA’nın bazı egzomlarının eklenip çıkarılmasına olanak tanır ve böylece farklı amino aside veya kısa uçlara sahip proteinler oluşabilir. Alternatif promotorlar ise farklı 5’ uçları, alternatif poliadenilasyon ise değişen 3’ uçları tetikler. Post-translasyonel işlemeler de (örneğin proteinin kesilmesi veya modifikasyonlar) ekisoformlar yaratabilir.

İsoformlar tipik olarak farklı dokusal dağılımlara, etkileşim ortaklarına veya biyokimyasal aktivitelere sahip olabilir. Yaygın olarak “kanonik” veya “birincil” isoform ile diğer alternatif isoformlar arasında farklar bulunur. Örnekler arasında PKM1/PKM2 gibi kanıtlanmış alternatif splicing ürünleri, MAPT/Tuyum isoformları ve p53 ailesi gibi durumlar gösterilebilir. Bu çeşitlilik fonksiyonel çeşitlilik ve doku özgüllüğü sağlar.

Tanımlama ve kaynaklar açısından isoformlar genellikle RNA-seq ve diğer yüksek üretkenlikli tekniklerle tespit edilir; Ensembl, RefSeq ve UniProt gibi veritabanlarında isoformlar ayrı transkript/protein olarak anotlanır. Ayrıca isoform spesifik antikorlar da kullanılır. Splice bozuklukları ve isoform değişimleri çeşitli hastalıklarda önemli rol oynar ve araştırmacılar için biyomarker veya tedavi hedefi olarak ilgi görür.