filogeneettisessä

Filogeneettinen tarkoittaa liittyvää filogeneesiin, eli eliöiden evoluutiohistoriaan ja niiden välisiin sukulaisuussuhteisiin. Filogeneesi kuvaa, miten lajit ovat kehittyneet yhteisestä esi-isästä ja miten niiden suhteet ovat muodostuneet ajan saatossa. Termi on peräisin kreikkalaisista juurista phylon ("sukukunta") ja genesis ("synty").

Filogeneettisiä tutkimuksia käytetään kuvaamaan ja vertailemaan lajien välisiä suhteita. Tavoitteena on rekonstruoida esi-isiensä suhteet ja tuottaa filogeneettinen puu, jossa haarat kertovat divergentsioiden aikajärjestyksen. Puuta voidaan analysoida sekä juurtuneena että juuretomana riippuen käytetyistä tiedoista.

Aineistot ja menetelmät: morfologiset piirteet sekä molekyylidata (DNA-, RNA- ja proteiinisekvenssit) voivat tarjota informaatiota. Analyyseissa käytetään esimerkiksi parsimonya, maksimaalista todennäköisyyttä (maximum likelihood) ja Bayesin inferenssiä. Tukiarvot arvioidaan bootstrap-tukina tai posterior probabilities -arvoina.

Keskeisiä käsitteitä ovat monofylogeeninen kladi (yhteinen esi-isä ja kaikki sen jälkeläiset), para- ja polyfylogeneettiset ryhmät, ulkoinen ryhmä (outgroup) sekä juurisijoitus. Tukiarvot kertovat tulosten luotettavuudesta.

Sovellukset ja rajoitteet: filogeneettisiä menetelmiä käytetään systematiikassa, evoluution historian tutkimuksessa, epidemiologiassa ja ekologisessa genomitutkimuksessa. Rajoitteisiin kuuluvat datan puutteellisuus, konvergenssi eli samankaltaisten piirteiden kehittyminen erillään, tapahtuva geneettinen siirto sekä mallien yksinkertaisuus ja epävarmuus.