bisulfiitisekventseksioon
Bisulfiitisekventseksjon er en metode for kartlegging av DNA-metylering med enkeltbas-nivå. Den avhenger av at natriumbisulfitt-behandling omdanner umetylerte cytosin til urasil, mens cytosin som er metylerte (5-metylcytosin) forblir uforandret. Etter PCR-amplifikasjon og sekvensering blir urasil lest som thymin, og metylerte cytosiner leses som cytosin. Ved å sammenligne sekvensdata med en reference som er tilpasset bisulfitt-konvertering, kan man bestemme metyleringsgrad ved hver cytosin-position.
Prosessen omfatter DNA-ekstraksjon; bisulfitt-konvertering; PCR; sekvensering; og dataanalyse med spesialtilpassede alignere og metyleringskallings- algoritmer. Det finnes
Anvendelser inkluderer studier av epigenetikk i utvikling, kreft og andre sykdommer, kartlegging av imprinting og veiskift
Begrensninger omfatter DNA-degradering som følge av den kjemiske behandlingen, risiko for ufullstendig konvertering og dermed falske
Alternativer og forbedringer inkluderer oksidativ bisulfitt-sekvensering (oxBS-seq) for å skille 5mC og 5hmC, samt enzymatiske metodeserier