Sekvenssikohtaiset

Sekvenssikohtaiset viittaa ominaisuuteen, jossa jokin vuorovaikutus, toiminto tai sovellus riippuu nukleotidien tai aminohappojen täsmällisestä järjestyksestä. Käsite esiintyy yleisesti molekyylibiologiassa ja bioteknologiassa, missä kohdentaminen ja tulokset määräytyvät määritellyn sekvenssin perusteella.

Esimerkkejä ovat sekvenssikohtaiset nukleaasit (SSNs), kuten CRISPR-Cas9, TALEN- ja ZFN-järjestelmät, joiden leikkaus tai muokkaus toimii vain kohdesekvenssillä. Lisäksi käytetään sekvenssikohtaisia PCR-primereita ja qPCR- sekä sekvensointiproteja sekä DNA- ja RNA-hybridisaatioon perustuvia kokeita, joissa sitoutuminen edellyttää tarkkaa vastaavuutta kohdesekvenssissä. Myös mikrosiru- ja biosensoritekniikoissa voidaan käyttää sekvenssikohtaisia sondia tai lisäkkeitä tunnistamaan tietyn geenin tai RNA-molekyylin.

Käyttökohteet kattavat geneettisen muokkauksen, diagnostiset testit ja ilmaisun tutkimisen sekä biomarkkereiden tunnistamisen. Sekvenssikohtaisuuden hallinta on keskeistä sekä kokeellisten tulosten tarkkuuden että tulosten sovellettavuuden kannalta. Rajoitteisiin kuuluu usein off-target -vaikutusten riski, jolloin samankaltaiset, mutta ei identtiset sekvenssit voivat aiheuttaa ei-toivottuja reaktioita. Lisäksi suunnitteluun liittyy usein herkkyys ja kontekstisidonnaisuus, kuten sekvenssiajan pituus ja ympäröivän sekvenssin rakenne.