SCOPértékekkel

SCOPértékekkel egy kifejezés, amely a Structural Classification of Proteins (SCOP) alapján adott domén vagy fehérje csoportosítás értékeire utal. A SCOP hierarchikus osztályozási rendszer a fehérjék szerkezetét vizsgálja, és doméneket a következő szinteken sorol be: osztály (Class), hajlat vagy forma (Fold), szupercsalád (Superfamily) és család (Family). Minden doménhez ezek a kategóriák rendelve vannak, amelyek megmutatják a szerkezeti hasonlóság és esetlegesen az evolúciós kapcsolatok fokát.

A SCOP értékek használata lehetővé teszi a fehérjék szerkezeti és evolúciós kapcsolataik összevetését. Két domén például ugyanahhoz a Family-hez tartozik, valószínűleg szorosabban rokon, mint ha csak ugyanahhoz a Superfamily-hoz tartoznának. A hierarchikus címkék segítenek annotálni fehérjeadatbázisokat és támogatják a strukturális genomika, összehasonlító biológia és a funkcionális következtetések felépítését.

A hivatalos SCOP adatbázis és annak bővített változata, a SCOPe (SCOPe: Structural Classification of Proteins — extended), biztosítja a kategorizált doméneket PDB-hez kötve. Az értékek lehetnek kézzel felülvizsgáltak vagy automatikusan hozzárendelve; időről időre frissítik őket, hogy tükrözzék a legújabb szerkezeti felismeréseket. Megjegyzés, hogy a SCOP értékek nem numerikus pontszámok, hanem kategorizáló címkék, amelyek a strukturális sokféleség megértését szolgálják. A hozzáférhető adatok gyakran nyílt hozzáférésűek különféle tudományos adatbázisokból.