RNAsekvenssien

RNAsekvenssien refererer til rekkefølgen av ribonukleotider i et RNA-molekyl. Hvert RNA-nukleotid består av ribose, fosfatgruppe og en av fire baser: adenin (A), cytosin (C), guanin (G) eller uracil (U). Sekvensen leses i 5'→3'-retning og bestemmer molekylets genetiske og regulatoriske funksjon avhengig av RNA-type.

RNA har mange funksjoner i celler. mRNA bærer genetisk informasjon fra DNA til ribosomer for proteinsyntese; rRNA og tRNA er essensielle komponenter i ribosomene og proteinasjonen. Små regulatoriske RNA, som miRNA, siRNA og lncRNA, påvirker genuttrykk og RNA-prosessering.

Sekvensering beskriver prosessen med å bestemme RNA-sekvenser. Tidlige metoder som Sanger-sekvensering ga enkel, lav kapasitet. Moderne teknologier for massiv parallel sekvensering (NGS) gir korte lesninger i stor skala, mens langlesningsplattformene PacBio og Oxford Nanopore gir lengre lesninger. Sekvenserte data lagres ofte i FASTA- eller FASTQ-formater; FASTQ inkluderer basekvalitetsvurderinger.

RNA-sekvenser brukes i transkriptomikk for å måle uttrykk, oppdage alternativ spleising, og annotere gener og isoformer. De brukes også i fylogenetiske studier, klinisk diagnostikk og patogenovervåkning.

Databaser og standarder: Sekvensdata lagres i GenBank, EMBL-EBI ENA og RefSeq; RNAcentral samler RNA-sekvenser fra flere kilder; miRBase er en sentral kilde for miRNA.