RNApoistamisen

RNApoistaminen tarkoittaa näytteestä RNA:n poistamista tai sen pitoisuuden huomattavaa vähentämistä. Se on yleinen toimenpide molekyylibiologiassa ja sitä käytetään sekä DNA:n eristämisessä että RNA-sekvensointi- sekä diagnostisissa valmisteissa. Tavoitteita ovat RNA-jäämien poistaminen, ei-toivottujen RNA-tyyppien hävittäminen sekä RNA-pitoisuuden säätö seuraavia analyysejä varten.

Yleisimmät menetelmät ovat RNase-käsittely, rRNA-depletion ja poly(A)-valinta. RNase-käsittely hajottaa RNA:ta entsymaattisesti, ja puhdistusvaiheessa poistuu hajonneet jäännökset. RRNA-depletion käyttää erityisiä kit- ratkaisuja ribosomaalisen RNA:n poistamiseen, jolloin muut RNA-tyypit jäävät jäljelle. Poly(A)-valinta sitoo polyadenyloituneet mRNA:t oligo-dT- tai magneettipinnoitteisiin ja poistaa ei-polyadenyloidiset RNA:t, mikä sopii erityisesti mRNA-sekvensoinnin valmisteluun.

Sovellukset vaihtelevat näytteen tyypin ja tutkimuksen tavoitteiden mukaan. DNA:n eristys helpottuu, kun RNA poistetaan, jolloin analyyseille saadaan parempi puhtaus ja luotettavuus. RNA-seq- valmisteissa rRNA-poisto tai mRNA-rikastus parantaa kattavuutta ja kustannustehokkuutta. Diagnostiikassa RNA-poisto voi olla tarpeen, kun RNA on läsnä näytteessä ja voi vaikuttaa tuloksiin.

Laadunvarmistus ja riskit: RNase-vapaissa tiloissa työskennellään, käyttämällä suojakäsineitä ja puhdistettua välineistöä; kontaminaatio voi pilata näytteen. Puutteellinen RNA-poisto voi heikentää tuloksia tai vääristää RNA-profiilia, ja valitun menetelmän rajoitteet on huomioitava tuloksissa. Puhtauden ja laadun arviointi tehdään tyypillisesti pitoisuuksien mittauksella sekä mahdollisesti bioanalyysin tai elektroforeesin avulla.

---