Provirusjäännökset

Provirusjäännökset ovat isäntägenomiin kiinnittyneitä DNA-jaksoja, jotka ovat peräisin vanhoista retrovirusinfektioista. Retrovirusten RNA käännetään DNA:ksi ja integroidaan genomiin provirusmuodossa. Jos integraatio tapahtuu sukusoluihin, provirus siirtyy perinnöllisesti seuraaville sukupolville ja muodostaa endogeenisen retroviruksen (ERV).

Suurin osa provirusjäännöksistä on defektiivisiä: niissä on mutaatioita, deleetiöitä tai pysäytyksiä, eikä niillä yleensä ole kykyä tuottaa toimivaa virusta. Silti niiltä voi säilyä rakennusosia, kuten gag-, pol- ja env-geenejä sekä LTR-alueita. LTR-alueet voivat toimia säätelevinä elementteinä, jotka vaikuttavat läheisten geenien ilmentymiseen.

Joillakin ERV:illä on kuitenkin ollut merkittävä vaikutus isäntägenomiin. Env-geenejä on domestikoitunut ja osallistuneet esimerkiksi istukan kehitykseen; tunnetuin esimerkki on syncytin-1 ja syncytin-2. Endogeenisia retroviruksia esiintyy laajasti eläinlajeissa, ja niiden määrä sekä koostumus vaihtelevat lajikohtaisesti.

Inhimillisessä genomissa ERV-jäännöksiä arvioidaan olevan noin 8 prosenttia DNA:sta; merkittäviä ovat erityisesti HERV-K (HML-2) -jäsenet. Tutkimus ERV:ien kartoituksessa ja vertailevassa genomisessa analyysissä paljastaa retrovirusien aikaisen evoluution sekä niiden roolin isäntägenomissa sekä mahdolliset vaikutukset geneettiseen säätelyyn.

---