Proteiinidatabankkeihin

Proteiinidatabankkeihin viittaa yleensä julkisesti saatavilla oleviin tietokantoihin, jotka sisältävät tietoa proteiinien rakenteista. Keskeisin ja tunnetuin näistä on Protein Data Bank (PDB). PDB on kansainvälinen yhteistyöhanke, joka kerää ja jakaa kolmiulotteisia rakennemallinnustietoja makromolekyyleistä, kuten proteiineista ja nukleiinihapoista. Nämä rakennedatat ovat peräisin kokeellisista menetelmistä, kuten röntgenkristallografiasta, ydinmagneettisesta resonanssispektroskopiasta (NMR) ja elektronimikroskopiasta.

Datapankkien tietoja käytetään laajasti biologian, biokemian, lääketieteen ja bioinformatiikan aloilla. Tutkijat voivat ladata ja visualisoida proteiinien rakenteita ymmärtääkseen niiden toimintaa molekyylitasolla. Tämä tieto on olennaista esimerkiksi uusien lääkkeiden kehittämisessä, koska se auttaa tunnistamaan ja suunnittelemaan molekyylejä, jotka sitoutuvat tiettyihin proteiineihin.

Proteiinidatabankkeihin sisältyy yleensä myös metadataa, kuten proteiinin tunnus, sen lähde (esimerkiksi organismityyppi), ja linkkejä muihin biologisiin tietokantoihin. Tietojen laatu varmistetaan automaattisten tarkistusten ja ihmisen suorittaman validoinnin avulla ennen niiden julkaisua. PDB:n lisäksi on olemassa muitakin proteiinirakenteita sisältäviä tietokantoja, mutta PDB on de facto standardi tällä alalla.