Mikroarrayteknik

Mikroarrayteknik är en molekylärbiologisk metod som möjliggör jämförande analys av tusentals biomolekyler samtidigt. På en kompakt yta, ofta glas eller polymer, placeras ett rutnät av små probes som är designade att vara komplementära mot specifika DNA-sekvenser, RNA eller proteiner. Genom att märka provet med fluorokrom och låta det hybridisera med de passande proberna binds mål-molekyler till de motsvarande platserna. Signalerna avläses sedan med en fluorescensskanner och data extraheras för jämförande analys.

Olika typer finns: DNA-mikroarrays där proberna representerar gener eller genetiska varianter; oligonukleotid- eller cDNA-mikroarrays. Proteinmikroarrays använder antikroppar eller andra bindningsproteiner. Andra varianter inkluderar metylerings- eller genomiska arrays. En vanlig arbetsgång omfattar provtagning, märkningssteg, hybridisering, tvätt, skanning och bioinformatiska analyser som normalisering och differentialanalys.

Användningsområden inkluderar genomik och transcriptomik, såsom genuttrycksprofilering under olika behandlingar eller tillstånd, kopantal-variation (aCGH), SNP-genotyping och metyleringsanalys. Mikroarrays används även i klinisk diagnostik och i läkemedelsforskning, där de erbjuder snabbhet och kostnadseffektivitet för stora paneler.

Fördelarna omfattar hög genomströmning och lägre kostnad per mätning i ett tidigt skede jämfört med individuella tester. Begränsningar inkluderar beroende av fördefinierade prober, risk för tvärreaktioner, begränsad dynamisk räckvidd och behov av komplex dataanalys. Tekniken har delvis ersatts av nästa generations sekvensering, men används fortfarande där snabbhet, standardisering och kostnadseffektivitet i stora paneler är fördelaktiga.