Enhanceraktiviteten

Enhanceraktiviteten avser förmågan hos enhancers—DNA-sekvenser som kan reglera transkription långt från den gen de påverkar—att öka uttrycket av målgenen. Enhancers fungerar ofta över långt avstånd från promotorer och är oberoende av deras orientering. Genom att bilda kromatinloopar kopplas enhancern till promotorregionen och förstärker RNA-polymeras II-initieringen.

Aktiviteten styrs av kombinationer av transkriptionsfaktorer som binder till specifika motiv i enhancersekvensen samt av co-activatorer och kromatinremodellering. Epigenetiska tillstånd och celltypspecifik tillgång till faktorer avgör om en enhancer är aktiv i en given vävnad eller utvecklingsstadium. Aktiva enhancers kännetecknas ofta av öppen kromatin och histonmarkeringar som H3K27ac och H3K4me1, och de kan producera enhancer-RNAs (eRNAs).

Metoder för att mäta enhanceraktivitet inkluderar klassiska reporterassays (till exempel luciferas eller GFP), där kandidatsekvenser testas framför en reporter. Nyare höggenomiska tillvägagångssätt som MPRA (Massively Parallel Reporter Assays) och STARR-seq låter bedöma aktivitet hos hundratals till tusentals kandidater samtidigt. CRISPR-baserad perturbation används också för att studera enhancerfunktion i celler eller vävnad.

Betydelsen av enhanceraktivitet sträcker sig från normal utveckling och celldifferentiering till sjukdomsgenetik. Variation i enhancers kan bidra till skillnader i uttryck mellan celltyper och individer, och felreglering av enhancers har kopplats till olika sjukdomstillstånd. Studier av enhanceraktivitet integrerar genomisk information med funktionella tester för att förstå genreglering och evolutionsmönster.