Edmansekvensointi

Edmansekvensointi, eller Edman-degraderingssekvensointi, on kemiallinen menetelmä peptidien ja proteiinien N-terminaalin järjestyksen selvittämiseksi. Menetelmän kehitti Pehr Edman 1950-luvulla, ja siitä tuli pitkään vallitseva tapa määrittää peptidien sekvenssejä ennen nykyistä massasiirtopohjaista proteomista tutkimusta.

Perusperiaate perustuu toistuvien kemiallisten syklien käyttöön. Ensimmäisessä vaiheessa N-terminaalinen aminohappo reagoi fenyyliisotiosyanihapon (PITC) kanssa lievästi emäksisessä ympäristössä muodostaen N-terminaalisen derivoinnin. Tämän jälkeen N-terminaalinen aminohappo erittyy PTH-derivanttina (phenylthiohydantoin) ja peptidi jää uuden N-terminaalin kanssa jatkamaan seuraavaa sykliä. Jokaisessa syklissä tutkitaan muodostuneen PTH-aminohapon identiteetti erottamalla sen kromatografisesti (yleensä Iä HPLC) ja kertomalla se yksitellen peptidin alkuperäisestä N-terminaalista. Näin voidaan rakentaa peptidin N-terminaalin järjestys.

Yleisesti Edmansekvensointi soveltuu lyhyisiin peptideihin tai proteiinien N-terminaalin vahvistamiseen. Yksittäisen sykli noudattaa noin 90% tuottavuutta, ja sekvensointi-uran pituus on käytännössä noin 20–50 aminohappoa riippuen näytteen puhtaudesta ja mittauslaitteista. Menetelmä kärsii rajoitteista, kuten vapaan N-terminaalin puutteesta (esim. asetyloitu tai muuten modifioitu N-terminus), sekä eräissä tapauksissa Pro-loppumatriisin vaikutuksesta. Pitkät ja runsaasti modifioidut peptidit ovat hankalia.

Historiallisesti Edmansekvensointi oli keskeinen työväline proteiinien sekvensoinnissa 1960-luvulta 1980-luvulle. Sen käyttö on vähentynyt massaspektrometriaan perustuvan proteomian yleistyessä, mutta menetelmä on yhä käyttökelpoinen lyhyiden peptidien tai N-terminaalin vahvistamisen yhteydessä, sekä laboratoriotutkimuksissa, joissa MS-näytteiden valmistus tai analyysi ei ole käytettävissä.