CTCFbindningar

CTCF-bindningar innebär de DNA-sekvenser där proteinet CTCF binder. CTCF, CCCTC-binding factor, är ett mycket bevarat zinkfingerprotein som fungerar som en arkitektonisk faktor i eukaryot kromatin. Genom att binda till tusentals bindningsställen i genomet påverkar CTCF reglering av enhanser, promotorer och insulatorfunktion samt gränser mellan regulatoriska landskap.

En viktig roll är organiseringen av det tre-dimensionella kromatinet. CTCF arbetar ofta tillsammans med cohesin för att bilda kromatinloopar och avgränsa topologiska associerade domäner (TADs). Loopar bildas vanligtvis mellan två CTCF-motiv som är orienterade mot varandra, en konvergent orientering som ofta utgör en krav på loopbildning.

Egenskaper och reglering: bindningen är sekvensspecifik och förekommer på tusentals ställen i genomet; mönstret varierar med celltyp men vissa CBEs är relativt konserverade. DNA-metylering påverkar CTCF-bindning; ökad CpG-metylering kan försvaga eller blockera bindningen.

Exempel: imprintingkontrollen vid H19/IGF2-regulatorregionen illustrerar CTCF:s insulatorfunktion: maternell CTCF-binding blockerar kontakt mellan enhanser och IGF2-promotorer, medan paternal metylering av regionen hindrar CTCF-binding och driver IGF2-uttryck. CTCF och cohesin är också involverade i gränserna för X-inaktivering och andra regulatoriska domäner.

Betydelse och sjukdomar: störningar i CTCF-bindning eller i dess målställen kan upplösa kromatinarkitektur och ändra genuttryck, något som kopplats till olika cancersjukdomar och utvecklingsstörningar.