Aminosäuresequenzen

Eine Aminosäuresequenz bezeichnet die lineare Abfolge von Aminosäuren in einem Peptid oder Protein. Sie ergibt sich aus der genetischen Information und wird durch Transkription und Translation in einem Organismus festgelegt. Die Sequenz wird von der N- zur C-Terminus gelesen und bildet die Primärstruktur des Proteins.

Die Sequenz kann mit drei Buchstaben (Ala, Arg, Asn, ...) oder in der Einbuchstabennotation (A, R, N, ...) angegeben werden. In Auszügen oder Alignments werden oft Lücken mit '-' markiert. Übliche Formate für Datensätze sind FASTA, in dem eine Kennung gefolgt von der Sequenz steht.

Die Sequenz bestimmt die dreidimensionale Struktur und damit Funktion; Muster und Domänen in der Sequenz korrelieren mit bestimmten Strukturen; Mutationen verändern Eigenschaften und können Funktionsverlust oder -neubildung verursachen. Posttranslationale Modifikationen verändern die funktionelle Sequenz, gehören aber nicht zur reinen Primärsequenz.

Durch Alignment, Motivanalyse und Homologie-Forschung lässt sich Funktion ableiten; Sequenzen werden in Datenbanken wie UniProt und NCBI RefSeq gesammelt; Bioinformatic-Tools wie BLAST, FASTA, HMMER helfen beim Auffinden ähnlicher Sequenzen. Die Bestimmung der Sequenz erfolgt labortechnisch mittels Edman-Abbau (historisch) oder moderner Massenspektrometrie (MS/MS) in der Proteomik.