5formylocytozyny

5-formylocytozyna (5fC) to oksydowana pochodna cytozyny występująca w DNA. Powstaje w wyniku działania rodzin TNET (TET) dioxygenaz na 5-metyloocytozynie (5mC), które może ulegać kolejnym utlenieniom do 5hmC, a następnie do 5fC i 5caC. 5fC jest jednym z ograniczonych dość niskich poziomów produktów oksydacyjnych 5mC w genomie ludzi i innych kręgowców, a jego rozmieszczenie oraz stężenie mogą być dynamiczne w zależności od rozwoju, różnicowania komórek i stanu chorobowego.

Funkcja i znaczenie biologiczne: główna rola 5fC jest związana z aktywną demetylacją DNA. W procesie tym 5fC może być rozpoznawany przez enzymy naprawy DNA, takie jak thymine DNA glycosylase (TDG), co prowadzi do wycięcia uszkodzonej zasady i zastąpienia jej niesutą cytosiną, kończąc cykl demetylacji. Pośrednio 5fC może również pełnić rolę sygnału epigenetycznego, wpływając na interakcje DNA-zbiorów białek lub na regulację ekspresji genów, chociaż pełne znaczenie regulatorowe 5fC jest nadal przedmiotem badań i dyskusji.

Detekcja i rozmieszczenie: 5fC wykrywany i kwantyfikowany jest metodami takich jak LC-MS/MS oraz technikami sekwencjonowania ukierunkowanymi na 5fC (np. metody chemicznego znakowania i sekwencjonowania dedykowane dla 5fC). W genomie 5fC występuje w pobliżu regionów regulatorowych, w imporcie genów i w obrębie ciał związanych z aktywną demetylacją, a jego profile zmieniają się podczas rozwoju, różnicowania i w stanach patologicznych, w tym w niektórych nowotworach.

Podsumowanie: 5-formylocytozyna jest oksydacyjną pochodną 5mC o kluczowym znaczeniu w demetylacji DNA i potencjalnym roli regulatorowej. Jej szczegółowe funkcje i znaczenie biologiczne wciąż są badane.