szekvenálással

Szekvenálással (szekvenálás) a DNS vagy RNS sorrendjének meghatározását értjük, vagyis a nukleotidok sorrendjének feltárását. A kifejezés a molekuláris biológiában használt technikák összefogó neve, amelyek lehetővé teszik a genetikai információ részletes megismerését. A szekvenálási módszerek közé tartoznak a hagyományos Sanger-szekvenálás, a nagy kapacitású következő generációs szekvenálás (NGS) módszerek, valamint a harmadik generációs platformok, amelyek hosszabb olvasási hosszokat és közvetlen DNS- vagy RNS-szekvenálást kínálnak.

Az általános folyamat több lépésből áll: mintavételezés és molekula-előkészítés (DNS vagy RNS izolálása), könyvtárkészítés (library preparation), a szekvenálás maga, majd a bioinformatikai adatelemzés. A futás során számos millió vagy milliárd rövid olvasat keletkezik, amelyeket minőségellenőrzésre, referenciagenomhoz történő illesztésre vagy de novo összeillesztésre, és variánsok hívására dolgoznak fel. A módszertől függően lehet teljes genom-, exom- vagy célzott szekvenálás.

Alkalmazások közé tartozik a teljes genom és exom szekvenálás, a transzkriptom elemzése (RNA-Seq), metagenomika, klinikai diagnosztika és onkológiai kutatások, populációgenetika, valamint evolúciós vizsgálatok. Előnyei közé tartozik a nagy áteresztőképesség és a folyamatosan csökkenő költség, valamint a hozzáférhetőség különböző automatizált eszközökkel. Korlátai közé tartozik a nagymértékű adatmennyiség, az összetett adatelemzés és a szükséges adatvédelmi és etikai megfontolások.