peptidikirjastojen

Peptidikirjastot ovat suuria kokoelmia peptideja, joiden aminohapposekvenssit on suunniteltu kattamaan laaja vaihtelu tai tietyn alueen ja/tai rakenteen tutkimista varten. Niitä käytetään erityisesti löytämään proteiineihin tai biomolekyleihin sitovia peptidejä, kartoittamaan epitopejä sekä kehittämään uusia haku- tai terapeuttisia molekyylejä. Kirjastot voivat sisältää miljoonista jopa miljardeihin erilaisiin sekvensseihin, riippuen käytetystä valmistusmenetelmästä ja koosta.

Kirjastojen typologiat ja valmistusmenetelmät vaihtelevat. Combinatorial- ja positional-scanning-kirjastot luodaan usein käyttämällä split-and-pool -tekniikkaa tai SPOT-synteesiä, jolloin monia erimuotoisia sekvenssejä syntetisoidaan rinnakkain tai niistä muodostetaan suuret kattavuudet. SPOT-synteesissä peptidejä valmistetaan suurissa pitoisuuksissa kuivalle pinnalle, kuten silikonilevylle, jolloin niitä voidaan helposti testata kohteeseen liittyvien sitoutumisominaisuuksien perusteella. Phage display, ribosome display ja mRNA display ovat biologisia valintajärjestelmiä, joissa kirjasto esitetään biologisessa kontekstissa ja sitoutumiskohteet eristetään. Näitä menetelmiä käytetään laajajalkaisissa seulontatilanteissa löytämään potentiaalisia sitovia peptidisekvenssejä.

Käyttökohteita ovat muun muassa sitoutumismittausten suorittaminen kohteeseen, epitooppien kartoittaminen, antigeenien orientoituminen sekä uusien terapeutisten tai diagnostisten molekyylien kehittäminen. Kirjastojen suunnittelussa huomioidaan moninaisuus, pituus, valittujen aminohappojen kirjo sekä syntetisointibyysit, jotta kattavuus ja laadunhallinta ovat riittäviä. Rajoitteisiin kuuluvat valmistuskustannukset, bias-tyypit, mahdolliset epäspesifiset sitoutumiset sekä tulosten validointi kestävyydellään.

---