generationssekvensering

Generasjonssekvensering, ofte kalt neste-generasjon-sekvensering (NGS), er en gruppe teknologier som muliggjør massiv parallell sekvensering av DNA og RNA. Teknologiene gir høy kapasitet og lavere kostnad per base sammenlignet med tidligere metoder som Sanger-sekvensering, og har i stor grad forandret feltet fra enkeltvise analyser til helhetlige kartlegginger av genomer og transkriptomer.

Overblikk: Prosessen innebærer å fremstille en bibliotek av korte DNA-fragmenter med adapters, deretter sekvensering av millioner av fragmenter samtidig. Resultatet er korte lesninger som må sammenlignes med et referansegenom eller settes sammen de novo. Dataanalyse inkluderer kvalitetssikring, kartlegging, variantkalling og tolkning.

Teknologier og plattformer: De mest brukte plattformene inkluderer Illumina (sekvensering ved syntese med korte lesninger), PacBio og Oxford Nanopore (lange lesninger; PacBio har lengre lesninger med en annen feilprofil, Nanopore tilbyr ofte bærbare enheter). Ion Torrent har også vært brukt, spesielt i kliniske eller feltbaserte applikasjoner. Forskjellene mellom plattformene påvirker leselengde, feilrater og kostnad per prosjekt.

Anvendelser: Bruksområder inkluderer human genomikk, klinisk diagnostikk, onkologi, infeksjonsovervåking, mikrobiomforskning, transkriptomikk (RNA-seq), epigenetikk (bisulfitt-sekvensering) og arkeologisk DNA.

Fordeler og begrensninger: NGS gir høy gjennomstrømning og lavere kostnad per base, noe som muliggjør store studier og raske kartleggingsprosjekter. Begrensninger inkluderer kortere lesninger for de fleste plattformene, som complicerer de novo- og referansebasert sammenstilling, samt behov for betydelige beregningsressurser og ekspertise for dataanalyse.