baseeditointi

Baseeditointi on genomimuokkauksen muoto, jonka avulla voidaan muuttaa yhden emäksen paria toiseksi DNA:ssa ilman, että DNA:n kaksoiskierre katkaistaan.

Tekniikka yhdistää usein kohdennetun CRISPR-Cas-järjestelmän toimivaksi kohteeseen sekä emäksisten deaminaasien toimintaan. Cytosine base editorit (CBE) muuttavat sytosiinin (C) urasiiliksi (U), mikä johtaa C:G → T:A -muutokseen, ja adenine base editorit (ABE) muuttavat adeniinin (A) inosiiniksi (I), jota solun replikaatio tulkitsee guaniiniksi (G), jolloin A:T → G:C -muutos syntyy. Muokkausikkuna, eli alue, jonka sisällä muutos tapahtuu, sekä PAM-vaatimukset (esim. NGG) rajoittavat mahdollisia kohteita.

Historia: Baseeditointi kehitettiin 2010-luvun lopulla, ja ensimmäiset CBEs- ja ABEs-julkaisut olivat noin vuonna 2016–2017 David Liu'n ja yhteistyökumppaneiden toimesta.

Sovellukset: Baseeditointia käytetään tutkimuksessa, sairauksien mallintamisessa ja potentiaalisten hoitojen kehittämisessä sekä kasvinjalostuksessa. Tekniikka tarjoaa tarkan, pienemmän riskin muokkauksia perinteisiin menetelmiin verrattuna.

Haasteet ja etiikka: Päähuolia ovat off-target-muutokset sekä DNA:ssa että joskus RNA:ssa, toimitus soluihin ja in vivo -kohdentamisen vaikeudet, sekä eettiset ja sääntelykysymykset erityisesti mahdollisten germline-muokkauksien osalta.