aminohappejärjestused

Aminoohappojärjestykset viittaavat proteiinin aminohappojen lineaariseen järjestykseen, joka määrittää sen primaarirakenteen ja vaikuttaa suurelta osin proteiinin laskostumiseen, vakauteen ja toimintaan. Järjestys on koodattu geenissä DNA:han, transkriptoidaan RNA:ksi ja käännetään ribosomeilla geneettisen koodin mukaan. Aminohapot merkitään yleensä joko kolmen kirjaimen tai yhden kirjaimen koodeilla; esimerkiksi alaniini on Ala tai A.

Geneettinen variaatio voi muuttaa aminohappojärjestystä polymorfismein, ja vaihtoehtoinen silmukointi sekä post-translationaaliset modifikaatiot tuottavat proteiineille erilaisia isoformia. Post-translationaaliset modifikaatiot, kuten fosforylaatio, glykosylaatio ja disulfidisillat, voivat muuttaa proteiinin toimintaa ilman perusjärjestyksen muutosta.

Sekvensointimetelmät ovat kehittyneet: Edmanin dekoodaus mahdollistaa N-terminaalisen sekvensoinnin, mutta soveltuu pääasiassa lyhyisiin peptideihin. Nykyisin massaspektrometria ja tandem-MS ovat yleisimpiä de novo -sekvensoinnissa ja proteiineihin kohdistuvassa analyysissä.

Tiedot tallennetaan ja saatetaan löytää tietokannoista kuten UniProt ja NCBI RefSeq. Sekvenssien vertailu mahdollistaa homologeja tunnistamisen, konserveoituneiden motiivien löytämisen ja evoluutiollisen analyysin.

Aminoohappojärjestysten tunteminen auttaa ymmärtämään proteiinien kolmiulotteista rakennetta, toimintaa ja roolia biologisissa ilmiöissä sekä soveltaa näitä tietoja lääketieteessä ja bioteknologiassa. Virheet järjestyksessä voivat selittää sairauksia ja vaikuttaa proteiinien toimintaan.