RNAprøver

RNAprøver er prøver som inneholder ribonukleinsyre og brukes i molekylærbiologiske analyser for å studere genuttrykk, RNA-sekvensering og RNA-sammensetning i celler og vev. Prøvene kan komme fra ulike kilder, som vev, blod, kultiverte celler eller kroppsvæsker.

Vanlige typer inkluderer total RNA, mRNA og små RNA som miRNA. Kilder inkluderer menneskelig og dyrevev, blodtilfeller (for eksempel PBMC), kliniske prøver, spytt og urin. Valg av type avhenger av analysedestinasjon, for eksempel ekspresjonsanalyse eller snørring av ikke-kodende RNA.

For å bevare RNA-prøver må man minimere RNase-kontaminasjon: bruke RNase-frie rør og tips, hansker og RNase-frie arbeidsflater. Prøvene må ofte stabiliseres med løsninger som RNAlater eller raskt nedfryses til -80°C. Ved transport og oppbevaring bør kjølige forhold opprettholdes og gjentatte fryse-tine unngås.

Uttak og ekstraksjon av RNA skjer vanligvis med kolonnebaserte silika-membraner, fenol-kloroform-baserte metoder eller magnetiske perler. DNase-behandling fjernar genomisk DNA som kan forstyrre downstream-analyser.

Kvalitetskontroll vurderer avkastning og renhet (A260/280). RNA-integritet måles ofte med RIN-skåre (1-10); for RNA-Seq anbefales vanligvis RIN over 7. Lagring skjer ofte ved -80°C, og prøver kan oppbevares i stabiliserende løsninger for kortsiktig bruk. Metadata og sporbarhet er viktig for tolkning og gjentakbarhet.

Bruksområder inkluderer RT-qPCR, RNA-seq, mikroarray og ulike gensekvenseringsprosjekter. Utfordringer inkluderer RNase-kontaminasjon, prøveheterogenitet og batch-effekter, samt etiske og biosikkerhetsmessige hensyn.