RNAprimäärin

RNAprimäärin (RNA primer) on lyhyt RNA-juoste, jonka primase-synnyttää DNA-replikaation alussa tarjoten 3'-hydroksyylimppäisen päähän, jolta DNA-polymeraasi voi aloittaa uuden DNA:n syntetisoinnin. Primeri on välttämätön sekä johtavalla että lagging- strandilla tapahtuvassa replikaatiossa, ja siihen viitataan erityisesti Okazaki-fragmenttien aloituspisteenä.

Primaarin synteesi eroaa organismien välillä. Prokaryooteissa primasi on nimeltään DnaG, joka synnyttää RNA-primerin. Eukaryooteissa primase on osa DNA-polymeraasin alfa-primasi-kompleksia ja koostuu useista alayksiköistä (esimerkiksi PriS ja PriL). Primeri syntetisoidaan RNA:na, joka toimii mallina myöhemmälle DNA-synteesille.

Primerin pituus on lyhyt; prokaryooteissa se on tyypillisesti noin 5–15 nukleotidia, eukaryoissa noin 10–20 nt. Primerin 3'-OH-terminus antaa aloituspisteen uuden DNA:n lisäämiselle DNA-polymeraasin toimesta.

Primerin poisto ja korvaus tapahtuvat replikaation edetessä. Prokaryooteissa DNA-polymeraasi I poistaa RNA-primerin 5'-3' eksokulaseella ja täyttää aukon DNA:lla; lopuksi ligase liittää fragmentit. Eukaryooteissa RNase H1 poistaa suurimman osan RNA:sta, DNA-polymeraasi delta (tai epsilon) täyttää aukon, ja ligase I sulkee niput. Okazaki-fragmenttien käsittelyyn osallistuvat lisäksi muut entsyymit, kuten FEN1.

RNA-primerit ovat olennaisia replikaation alussa ja lagging- strandin jatkuvassa synteesissä. Primerin poistamisen tai täyttämisen virheet voivat johtaa replikaation epäyhtenäisyyksiin, mutaatioihin tai fragmentaarisiin epäkohtiin. Primerit myös näkyvät tutkimuksessa replikaation nopeuden ja säätelyn mittaajina.