RNAanalüüse

RNAanalüüsid tähistavad mitmesuguseid meetodeid ja lähenemisi, mille abil uuritakse RNA molekulide olemasolu, kogust ning struktuuri, samuti nende rolli geenide ekspressioonis ja RNA-protsessides. Neid analüüse kasutatakse geneetilise ekspressiooni mõistmiseks, transkriptomi uuringute läbiviimiseks ning mitte-kooduva RNA ja muude RNA-omaduste uurimiseks.

Peamised meetodid hõlmavad klassikalisi ja kõrgsäritavamaid tehnikaid. Northern blot võimaldab spetsiifilise RNA molekuli tuvastamist ja kvantifitseerimist. RT-qPCR ja RT-PCR mõõdavad RNA kogust või muutuvaid ekspressiooni tasemeid, sageli valideerimiseks või väikeste geenide laikude uurimiseks. RNA-Seq (RNA-seq) on ülevaatlik transkriptomi sekveneerimine, mis määrab kogu ekspresseeritud RNA populatsiooni ja võimaldab alternatiivset lõikamist, spetsiifilisi isoforme ja lõõgastusi. Mikrokiibid (microarrays) on varasem, kuid veel kasutusel ekspressiooni profiilimiseks. In situ hybridization võimaldab RNA lokaliseerimise rakus või kudedes näidata. Väikesed RNA-seq meetodid (small RNA-seq, miRNA-seq) keskenduvad microRNA-de ja teiste väikeste RNA-de uurimisele, samal ajal kui üks-rakuline RNA-seq (scRNA-seq) uurib ekspressiooni ühes rakus eraldi. Ribo-seq mõõdab translatsiooni ja ribosoomi protecteritud RNA fragmente.

Töövoog hõlmab näidete kogumist, RNA eraldamist ja DNA-saastatuse eemaldamist, kvaliteedi kontrolli (RNA integrity number, RIN, ja puhtusnäitajad), cDNA sünteesi ja raamide ettevalmistust sekveneerimiseks. Andmed töödeldakse bioinformaatikas: kvaliteedi kontroll, järjestuste paigutamine reference-genoomile, transkriptsioonide kvantifitseerimine (TPM, FPKM), diferentsiaalne ekspressioon ja isoformide analüüs. Uuringud hõlmavad ka mitte-koodi RNA-de annotatsiooni ja regulatoorsete mehhanismide hindamist. RNAanalüüsid on olulised nii baas- kui ka rakendusteadustes, alates põllumajandusest kuni haiguste biomarkerite avastamiseni.

Piirangud ja kaalutlused hõlmavad tehnilisi äravoolusid, nagu tehke eksperimentaalne korduvus, valimi kvaliteet, ekstraktsiooni metoodika ja kromosoomide või DNA-saastatuse mõju, ning andmete tõlgendamise keerukust kliinilistes ja bioloogilistes kontekstides.