PCRpõhiseid

PCRpõhised meetodid tähistavad meetodeid, mis põhinevad polümeraasi ahela reaktsioonil (PCR) DNA või RNA kopeerimisel ning suuremahulisel koopia loomisel algmaterjalist. PCR võimaldab väga väikese sisendi korral saada miljonite koopiaid, mis parandab detekteerimist ja kvantifitseerimist. Protsessis kasutatakse lühikesi DNA alg-laud (primerid), termostabiilset DNA polümeraasi, dNTP-sid ja sobivat bufferit; tsükliliste temperatuurimuutustega toimuvates reaktsioonides tekib soovitud siht-DNA kopeerimine.

PCRpõhiste meetodite peamised tüübid hõlmavad konventsionaalset PCR-i, realaegselt jälgitavat PCR-i ehk qPCR-i ning RT-PCR-i ja RT-qPCR-i, mis lisaks algmaterjalile töödeldakse ka RNA-st cDNA sünteesiks. Digitaalne PCR (ddPCR) eraldab proov üheks mitme väiksema reaktsiooniga osaks, võimaldades absoluutset kvantifikatsiooni. Multiplex PCR võimaldab sama reaktsiooni käigus hinnata mitut sihtmärki. Need meetodid võivad olla ka kombineeritud, näiteks RT-qPCR, mis esiteks pöördub RNA-d DNA-ks ja seejärel kvantifitseerib.

Kasutusvaldkonnad hõlmavad meditsiinilist diagnostikat ja nakkushaiguste tuvastamist, gene expression analüüsi, genotüübi määramist, kliiniliste diagnostikauuringute ja forensitehnika valdkondi ning loomulikult laboratoorset kvaliteedi kontrolli. PCRpõhised meetodid on tuntud oma suure sensitiivsuse ja spetsiifilisuse poolest ning võimaldavad kiiret ja suhteliselt täpset kvantifitseerimist, kuid sõltuvad adekvaatsest primerite disainist, filtritest ja täpsest laboratoorsest kontrollist, kuna saaste ja inhibiitorid võivad suurendada valepositiivsete või valepõhjate tekkimise riski. PCR loodi 1983. aastal Kary Mullis ja sellest ajast on see muutunud standardiks molekulaarsetes uuringutes.