Mikrobiyhteisö

Mikrobiyhteisö tarkoittaa mikrobien muodostamaa yhteisöä, joka elää tietyssä ympäristössä ja jonka toiminnasta seuraa yhteisön ominainen rakenne ja dynamiikka. Yhteisöön kuuluu bakteereja, arkeoneja, sieniä sekä alkueläimiä, ja siihen voivat kuulua myös virukset, jotka vaikuttavat vuorovaikutuksiin. Mikrobiyhteisöt voivat esiintyä esimerkiksi ihmisen suolistossa, maaperässä, vesistöissä ja biofilmeissä.

Ympäristön olosuhteet, kuten ravinteet, pH, lämpötila ja kilpailu muiden mikrobien kanssa, muokkaavat yhteisön koostumusta. Yhteisöissä tapahtuvat vuorovaikutukset voivat olla kilpailua, mutualismia tai syntrofiaa, ja ne vaikuttavat toiminnallisesti ravinteiden kiertoon sekä orgaanisten aineiden hajotukseen ja energian kiertoon. Mikrobiyhteisöt voivat muodostaa biofilmejä, joissa mikrobit ovat tiiviisti yhdessä ja yhteisö saattaa kokea parempaa kestävyyttä ympäristömuutoksia vastaan.

Esimerkkejä ovat ihmisen suoliston mikrobiyhteisö, joka vaikuttaa ruoansulatukseen ja immuunipuolustukseen, maaperän mikrobiyhteisöt, jotka osallistuvat typen ja hiilen kiertoon sekä orgaanisten aineiden hajotukseen, sekä vesistöjen mikrobit, jotka vaikuttavat veden laatuun ja hiilen kulkuun.

Tutkimuksessa käytetään sekä kulttuuriperinteisiä että kulttuurittomia menetelmiä, kuten metagenomiikkaa ja 16S rRNA -genea sekvensointia, sekä metatranskriptomian ja kuvantamismenetelmiä yhteisön rakennetta ja toimintaa kuvaamaan.

Mikrobiyhteisöihin liittyy merkittävä rooli ympäristön hyvinvoinnille, terveydelle, elintarviketeollisuudelle ja kestävälle bioteknologialle sekä päästöjen vähentämiselle ja kiertotalouden edistämiselle.