Kodonsekvensen

Kodonsekvensen er rekkefølgen av kodonene i en mRNA- eller coding DNA-sekvens som bestemmer aminosyresekvensen i et protein under translasjon. Hvert kodon består av tre nukleotider og leses i en bestemt leseramme fra startkodonet til stoppkodonene. Startkodonet er vanligvis AUG, som innleder syntesen av proteinet, mens stoppkodonene UAA, UAG og UGA avslutter prosessen.

Den genetiske koden er universell i de fleste organismer og består av 61 sense-kodoner som hver koder for en aminosyre, selv om flere kodoner kan kode samme aminosyre (degenerasjon). Dette gir redundans og mulige mutasjoner som ikke endrer aminosyreren (synonyme mutasjoner). Under translasjonen kobles tRNA-molekyler til kodonene i mRNA gjennom baseparing, og ribosomet bygger polypeptidet basert på kodonsekvensen.

Endringer i kodonsekvensen kan påvirke proteinet betydelig. En substitusjon kan være missense (gir en annen aminosyre) eller nonsense (innfører et stoppkodon). Innsettinger eller slettinger kan endre leserammen (frameshift) og føre til store endringer i resten av proteinet. Kodonbruk varierer mellom arter og veier, og i bioteknologi brukes ofte codonoptimalisering for å bedre uttrykket av gener i ulike vertsmiljøer.