Indelvariantit

Indelvariantit, or insertion–deletion variants, ovat geneettisiä variantteja, jotka koostuvat peräkkäisistä koodaavasta tai ei-koodaavasta DNA:sta poistosta tai lisäyksestä. Ne voivat olla pieniä, tyypillisesti muutaman nuppuvuoden mittaisia, mutta suurempia indelitasoja esiintyy myös. Indelit eroavat toisistaan sekä muodon (lisäys vs. poisto) että niiden vaikutuskoosta genomissa.

Indelit voidaan luokitella kahteen päätyyppiin: insertioihin (lisäys) ja deleetioihin (poisto). Koodialueilla indelit voivat aiheuttaa tahdistusvirheita, jos niiden pituus ei ole kolmen kertoma, mikä johtaa siirtyneeseen lukutapaan ja usein proteiinin varhaiseen pysähtymiseen tai toiminnan menettämiseen. In-frame-indelit, joiden pituus on kolmen kertomaa, voivat muuttaa aminohappojen määrää mutta säilyttävät lukutavan, jolloin vaikutus vaihtelee. Ei-kooda-alueilla indelit voivat vaikuttaa säätelyalueisiin, splicingin kutsuun tai RNA:n vakauteen.

Tunnistus ja haasteet ovat keskeisiä genominlaajuisten tutkimusten osa-alueita. Indelit havaitaan sekvenssisaamisen ja varianttien kutsumisen avulla, mutta niiden alueilla toistuvien alueiden tai homopolaaristen jaksojen vuoksi kohdistamista ja tulkintaa on hankala tehdä. Tarkkuutta parannetaan usein käyttämällä oikeellista normalisointia ja vasemman puolelle kohdistamista sekä mahdollisesti vahvistamalla löydökset Sanger-sekvensoinnilla kliinisessä kontekstissa.

Merkitys ja sovellukset vaihtelevat. Pathogeeniset indelit voivat aiheuttaa Mendelin perinnöllisiä sairauksia ja vaikuttavat proteiinien funktioon. Syövän genomioksissa somattiset indelit voivat edistää muuntelua ja toimia biomarkkereina. Väestötietokannat seuraavat indelien alleleja verkkotietokannoissa ja tarjoavat kontekstia harvinaisille ja yleisille varianteille. Indelit kirjataan ja kuvataan standardoidusti varianttitiedostoissa, ja niiden funktionaalinen vaikutus merkitään transkripti- ja proteiinin tasolla. Näin indelvariantteja voidaan tulkita kliinisessä, tutkimuksellisessa ja diagnostisessa viitekehyksessä.