Aminohapposekvenssissä

Aminohapposekvenssissä tarkoittaa polypeptidin primaarirakennetta, jossa aminohapot ovat tietyssä järjestyksessä. Tämä järjestys määrittää proteiinin ominaisuudet, kuten kyvyn muodostaa toimiva kolmiulotteinen rakenne sekä biologisen toiminnan. Sekvenssi toimii lisäksi tunnisteena bioinformatiikassa, jonka perusteella proteiineja voidaan verrata toisiinsa ja luokitella evolutiivisesti.

Notaatio ja suunta: Sekvenssi esitetään yleisesti kolmen kirjainkoodilla (esim. Gly, Ala, Ser) tai yhden kirjaimen koodilla (G, A, S). Järjestyksen suunta on tavallisesti N-terminaalista kohti C-terminaalia. Sekvenssi voi sisältää standardien aminohappojen lisäksi joitakin poikkeavia tai modifioituja yksiköitä, jos sellaisia on biologisesti esiintyvissä proteiineissa.

Määritys ja tallentaminen: Sekvenssiä on perinteisesti voitu määrittää Edmanin degradaation avulla, ja nykyisin yleisimmissä proteomiikan analyyseissä käytetään tandem-massaspektrometriaa ja de novo -sekvensointia. Sekvenssit tallennetaan ja jaetaan tietokannoissa kuten UniProt, NCBI ja Pfam. Näitä tietoja käytetään homologiaseen löytämiseen, motiivien ja proteiinidomejen analysointiin sekä rakenteen ja toiminnan ennustamiseen.

Rajoitukset ja sovellukset: Primaarisekvenssi ei suoraan osoita post-translational-modifikaatioita (PTMs), mutta ne vaikuttavat proteiinin toimintaan. Sekvenssiä käytetään proteiinien identifiointiin, evoluutiotutkimukseen sekä rakenteen ja toiminnan ennustamiseen. Sekvenssien vertailu tukee myös functionaalisten ja rakenteellisten ominaisuuksien tutkimusta.