säätelyseutujen

Säätelyseudut ovat DNA-sekvenssejä, jotka säätelevät geenien ilmentymistä. Ne eivät yleensä koodaa proteiineja, vaan toimivat säätöelementteinä, jotka vaikuttavat siihen, milloin, missä ja kuinka paljon geenejä transkriboidaan. Säätelyseutuja ovat sekä promotorit, jotka sijaitsevat usein geneistä lähistöllä, että lähialueen säätelyelementit sekä distaaliset enhancers, jotka voivat olla kaukana kohdegeenistä mutta muodostavat kolmiulotteisia kontakteja DNA:n kanssa. Myös hiljentäjät ja eristimet ovat osa säätelyseutuja, jotka vähentävät ilmentymää tai erottavat sitä.

Toiminta on solukohtaisesta kontekstista riippuvaa. Säätelyseutujen aktiivisuus muuttuu kehityksen aikana ja signaalien, kuten hormonaalisten viestien, vaikutuksesta. Aktiviteettia kuvaavat usein kromatiinin merkit ja DNA:n saavutettavuus; esimerkiksi avoin kromatiini ja histonimuutokset voivat osoittaa aktiivisia säätelyseutuja.

Tutkimuksessa säätelyseutujen kartoitus ja toiminnan ymmärtäminen käyttää menetelmiä kuten ChIP-seq histonimerkkeille ja transkriptionfaktoreille, ATAC-seq avoimien alueiden tunnistamiseen sekä Hi-C 3D-genomin järjestäytymisen tutkimiseen. Tärkeää on myös toiminnallinen perturbointi käyttämällä reporter-testejä tai CRISPR-pohjaisia menetelmiä.

Säätelyseutujen variaatiot voivat vaikuttaa geenien ilmentymiseen ja niitä on yhdistetty moniin tauteihin sekä yksilöllisiin reaktioihin ympäristöön. Tutkimusala tarjoaa avaimia kehitykselle, erilaistumiselle ja yksilölliselle lääketieteelle.