proteiiniryhmä

Proteiiniryhmä on biokemiallinen käsite, jolla tarkoitetaan proteiinien joukkoa, jolla on jokin yhteinen piirre, kuten samankaltainen aminohapposekvenssi, rakenne tai toiminto. Proteiiniryhmiä määritellään usein proteiinifamilioiksi tai -domaineiksi, jotka kuvaavat proteiinien evolutiivista alkuperää ja rakennetta. Ryhmien tunnistaminen perustuu bioinformatiikkaan: sekvenssien samankaltaisuuden, kolmiulotteisen rakenteen sekä toiminnallisten motifien analyysiin. Tietoa kerätään ja kootaan tietokantoihin kuten Pfam, InterPro ja SMART.

Ryhmäajattelu helpottaa proteiinien funktion ennustamista, uusien proteiinien luokittelua ja tutkimusta kohdennetuissa sovelluksissa, kuten lääketieteessä ja bioteknologiassa. Eri proteiinit voivat kuulua samaan ryhmään, vaikka niiden spesifinen funktio eroaa, mikä heijastaa sekä evolutiivista suhdetta että rakenneperäistä samankaltaisuutta.

Esimerkkeinä ovat globiiniperheet (esimerkiksi hemoglobiini ja myoglobiini), seriinproteaasit sekä kinases-ryhmät, jotka muodostavat erillisiä proteiinien ryhmiä tunnetuissa luokitusjärjestelmissä. Proteiiniryhmien määrittely on jatkuva prosessi, joka hyödyntää sekä uutta genomiikkaa että kolmiulotteista rakenneseurantaa.

Huomioitavaa on, että termiä käytetään eri yhteyksissä hieman eri tavoin; se voi viitata sekä evolutiivisesti kytketyihin perheryhmiin että käytännön toiminnallisiin ryhmiin proteiiniluokittelussa.