polyakrylamidigeelit

Polyakrylamiidigeelid on elektrokeemial põhineva eraldamise vahendid, mida kasutatakse biomolekulide suuruse järgi eristamiseks. Need tekivad akrylaamiidi monomeeri polümeriseerimisel koos ristvõrgustajaga bisakrylaaam, moodustades võrgstruktuuri, mille pooride suurus määrab molekulide liikumise kiiruse. Geeli tihedus ja hinduvad omadused võimaldavad kõrget eraldusvõimet DNA, RNA ja väikeste valkude analüüsimisel ning erinevate seadmete, näiteks denatureerivate ja mitte-denatureerivate geeljate, puhul.

Koostis ja valmistamine: geeli valmistamisel lisatakse akrylaamiidi monomeer ja ristvõrgustav aine bisakrylaam ning ühendusse käivitajad initsiatori abil, tavaliselt ammoniumpersulfaadi (APS) ja TEMED. Polymeriseerumisprotsessi kontrollitakse, et saavutada soovitud võrgustiku tihedus ja läbipaistvus. Põhireegel: kõrgem monomeeride kontsentratsioon ja suurem ristvõrgustatus annavad väiksemaid pooride suurusi (kõrge eraldusega väikeste molekulide jaoks), samas madalam kontsentratsioon sobib suuramate molekulide eraldamiseks.

Kasutus ja tüübid: polyakrylamiidigeelid on eriti tuntud DNA fragmentide suurusepõhisel eraldamisel ning on kasutatavad ka DNA järjestamisel (nt sekveneerimisele eelnevad analüüsid) ja väikeste valkude analüüsil. Gruppide vahel on nii denatureerivad (nt uurea lisamisega) kui ka mitte-denatureerivad variandid, sõltuvalt soovitud rakendusest. Gellide puhul hõlmavad rakendused näiteks mikrosatellite analüüs, PCR-jäätmete kontroll ja molekulaarne identifitseerimine.

Ohutus ja jäätmed: akrylamiid on toksiline ja potentsiaalselt kantserogeenne ning käitlemisel tuleb järgida juhiseid, kasutada kaitsevahendeid ja töödelda jäätmed ohutult. Polymeriseerimisega seotud monomeeri vaba jääk võib olla vähem ohtlik, kuid ikkagi nõuab ettevaatust. Geelide valmistamine ja kasutamine peaks toimuma ventilatsiooniga alades või kapis.