peptidiketjussa

Peptidiketju, usein nimellä polypeptidiketju, on aminohappojen lineaarinen jono, joka on kytkeytynyt toisiinsa peptidisidoksilla. Peptidisidos muodostuu, kun yhden aminohapon karboksyyliryhmä reagoi seuraavan aminohapon aminoryhmän kanssa, jolloin vapautuu vesimolekyyli. Tuloksena on jatkuva -CO-NH- sidossi. Peptidiketjun päädyt ovat N-terminus (vapaa amino-ryhmä) ja C-terminus (vapaa karboksyyliryhmä).

Kantavana rakenteena peptidiketju koostuu toistuvista N-Cα-C-N-Cα-C -alijäsenistä, ja sivuketjut irtoavat rungon varaan. Peptidisidos on osittaisreseonanttinen ja siksi planaarinen (lähes tasapainossa samalla tasolla). Siksi kierto rungossa on rajoitettu, ja trans-konfiguraatio on yleisin peptidisidoksen yhteydessä; cis-konfiguraatiot ovat harvinaisia, usein proliinissa.

Kun peptidiketju muodostaa proteiinin primaarirakenteen, sen aminohappojen järjestys määrittää proteiinin lopullisen kolmiulotteisen rakenteen ja toimintakyvyn. Primaarirakenne vaikuttaa siihen, miten ketju voi muodostaa sekundaarirakenteita, kuten alfa-heliksiä ja beta-levyjä, jotka syntyvät säännöllisten vetysidosten muodostumisesta backbonein ja atomien välillä. Sivuketjut määrittävät kemiikan, hydrofobisuuden ja katalyyttiset ominaisuudet.

Lyhyissä peptideissä on vain muutama aminohappo, kun taas suurimmat polypeptidit voivat muodostaa monimutkaisia proteiineja. Peptidiketjuja voidaan sekä biologisesti muodostaa että synteettisesti rakentaa laboratorio-olosuhteissa esimerkiksi peptideillä. Peptidiketjun tutkimus on keskeistä biokemian ja proteiinien tutkimuksessa.