oligonukleotider

Oligonukleotider är korta syntetiska kedjor av nukleotider som används inom molekylärbiologi och diagnostik. De förekommer huvudsakligen som enkelsträngade DNA- eller RNA-molekyler, men kan även vara modifierade eller i dubbla formar beroende på tillämpning. Vanlig längd sträcker sig från ett fåtal till ett par hundra nukleotider, där 18–25 nt ofta används som PCR-primers eller sekvenseringsprober.

Beroende på applikation kan oligonukleotider vara enkelsträngade eller dubbelsträngade, och de är ofta kemiskt modifierade. Naturliga DNAs och RNAs kan förses med modifieringar i ryggraden, till exempel fosforotioater, samt socker- eller basmodifieringar som 2'-O-metyl, 2'-fluoro eller LNA. Tillägg av signaler som fluorescens-, biotin- eller haptensetiketter gör dem användbara i diagnostik och biotekniska tillämpningar.

Tillverkningen sker vanligtvis med fastfas-kemi baserad på fosforamiditkemi i automatiserade syntetiseringsmaskiner. Byggstenarna kopplas i ordning, varefter deprotektions- och reningssteg utförs. Slutprodukten renas ofta med HPLC eller PAGE och lagras som RNA- eller DNA-oligonukleotider under RNase- och DNase-fria förhållanden.

Användningarna omfattar PCR-primers och sekvenseringsprober, realtids-PCR, mikromatriser och diagnostiska tester. De används också som antisense- eller gapmer-oligonukleotider för reglering av genuttryck, samt som aptamerer eller byggstenar i diagnostiska och biotekniska verktyg.

RNA-oligonukleotider är mycket känsliga för RNaser och bör hanteras i RNase-fria miljöer och förvaras vid låga temperaturer, exempelvis -20 till -80 C. DNA-oligonukleotider är generellt mer stabila. Alla kemikalier och märkningsprodukter bör hanteras enligt laboratoriets säkerhetsrutiner.