molekyylidynamiikkana
Molekyylidynamiikka on tietokonesimulointimenetelmä, jota käytetään tutkimaan atomien ja molekyylien liikettä ajan mittaan. Se perustuu klassisen mekaniikan periaatteisiin, joissa kunkin hiukkasen sijainti ja nopeus lasketaan käyttämällä Newtonin lakeja. Simulointi aloitetaan määrittämällä kaikkien järjestelmän atomien ja molekyylien alkutilat, eli niiden sijainnit ja nopeudet. Tämän jälkeen lasketaan atomien väliset vuorovaikutusvoimat käyttäen ennalta määriteltyjä potentiaalia. Nämä voimat määräävät, kuinka hiukkaset liikkuvat seuraavan pienen aikapulssin aikana. Laskemalla hiukkasten uudet sijainnit ja nopeudet voidaan simuloida järjestelmän kehitystä ajan myötä.
Molekyylidynamiikan avulla voidaan tutkia monenlaisia ilmiöitä kemiassa, fysiikassa ja biologiassa. Sitä käytetään esimerkiksi proteiinien laskostumisen, nesteiden