konformaatioasetelmalla

Konformaatioasetelma on molekyylin kolmiulotteinen kokoonpano, joka syntyy, kun atomin suhteet voivat kiertyä vapaasti sigma-sidosten ympäri ilman sidosten katkeamista. Se kuvaa hetkittäistä rakennetta, jossa atomien välillä sijaitsevat ryhmät asettuvat eri tavoin tilatharjoissa. Konformaatio voidaan muuttaa helposti molekyylin sisäisesti tapahtuvalla rotaatiolla, joten sama molekyyli voi esiintyä useissa erilaisissa konformaatioissa.

Konformaatio eroaa konfiguraatiosta siten, että konformaatioiden muutokset ovat palautuvia ja vaativat vain rotaatiota, kun taas konfiguraatioon vaikuttavat esim. rikkoutuneet tai muodostuneet kytkennät, jotka vaativat suurempaa kemiallista muutosta interkonversioksi. Molekyylien konformaatioiden energiarakenteet muodostavat energia-allasmaiseman, jolla on useita minimaalisia tiloja. Suuremmilla molekyyleillä konformaatioiden välinen vaihtelu voi vaikuttaa reaktiivisuuteen, molekyylin fysikaalisiin ominaisuuksiin ja sitoutumiseen biologisiin kohteisiin.

Käytännön esimerkkejä ovat pienet hiilivetyketjut ja monimutkaisemmat molekyylit, joissa eri rotaatiot johtavat erilaiseen tilaan. Eri konformaatioita arvioidaan sekä kokeellisesti (esim. NMR- ja röntgenkideron) että teoreettisesti (molekyylimallinnus ja kvantti- sekä klassinen dynamiikka).

Konformaatioasetelmien tunteminen on keskeistä orgaanisessa kemiassa ja drug designissa, sillä kokoonpanon muutokset vaikuttavat sitoutumiseen, reaktioihin ja biologiseen toimintaan.