filogenetikas

Filogenetika yra biologijos sritis, nagrinėjanti organizmų ar genų evoliucinių ryšių kilmės istoriją. Pagrindinis tikslas – rekonstruoti šiuos ryšius ir sukurti filogenetinius medžius, kurie atvaizduoja giminingumą ir pokyčių laiką. Duomenys dažniausiai gaunami iš morfologijos ir anatomijos, taip pat iš molekulinių sekų (DNR, RNR, baltymai). Atsižvelgiant į duomenų tipą, taikomi įvairūs metodai: cladistika (bendra protėvio požymių pagrindu kuriami taksonominiai ryšiai), maksimali tikimybė (maximum likelihood), Bayeso rekonstrukcija ir greitai veikiantis neighbor-joining metodas. Filogenetiniai medžiai padeda klasifikuoti rūšis, tyrinėti evoliucinę raidą, biogeografiją, paleogenetiką ir epidemiologiją (pavyzdžiui, ligų kilmę ir plitimą). Taip pat naudojama suprasti konvergenciją ir paralelizmus bei kitus evoliucijos procesus.

Iššūkiai ir praktika: duomenų trūkumas, modelių pasirinkimo galimybės, horizontalaus genų srauto poveikis, šaknų nustatymo sunkumai. Patikimumą dažnai didina daugiau duomenų šaltinių integravimas ir tinkamų modelių taikymas. Šiuolaikinėje praktikoje filogenetika glaudžiai susijusi su genetika, sistematika ir evoliucine biologija, naudojama programine įranga tokia kaip BEAST, MrBayes, RAxML, MEGA ir kt.