dideoxynukleotiden

Dideoxynukleotider, eller ddNTP-er, er nukleotider som mangler 3' hydroksylgruppe. Som følge av mangelen på 3'–OH kan ikke neste fosfodiesterbinding dannes, og DNA-syntesen stopper når en ddNTP blir inkorporert. De er derfor analoger av de vanlige deoksynukleotidene (dNTPs), men mangler den siste OH-gruppen.

I Sanger-sekvensering brukes ddNTP-er som kjede-terminatorer i kombinasjon med vanlige dNTP-er. I en reaksjon er det tilstrekkelig med hver ddNTP til å avslutte syntesen ved forekomsten av den aktuelle basen, noe som genererer en serie DNA-fragmenter som slutter ved basen der ddNTP-et ble inkorporert (A, T, C eller G). Tradisjonelt ble fire separate reaksjoner kjørt for hver base, eller en enkelt reaksjon med lave konsentrasjoner av de ulike ddNTP-ene.

I moderne dye-terminator-sekvensering brukes fluorescentmerket ddNTP i en felles reaksjon. Fragmentene skilles deretter av lengde ved kapillær elektroforese, og en detektor registrerer fargene som tilsvarer hver terminering. Dataprogramvare konverterer farge- og lengdeinformasjon til DNA-sekvensen.

DdNTP-er brukes primært i in vitro DNA-sekvensering og diagnostikk. De er ikke ment for bruk i levende organismer, siden de stopper DNA-syntese. De leveres som syntetiske forbindelser og brukes i kontrollert laboratoriemiljø sammen med DNA-polymerase for å produsere sekvensdata.