Taustaverkkoja

Taustaverkkoja tarkoitetaan verkkoja, jotka toimivat analyysien viitekehyksenä ja joiden kautta havaittu tai kohdeverkko asetetaan kontekstiin. Ne kuvaavat laajoja yleisiä vuorovaikutusmalleja, joissa solmut voivat olla geenejä, proteiineja, metaboliitteja tai muita entiteettejä ja niiden välisiä suhteita. Taustaverkkoja käytetään erityisesti bioinformatiikassa, mutta käsitettä sovelletaan myös muissa verkostotutkimuksen yhteyksissä.

Rakenne ja rakentaminen: Taustaverkkoja voidaan laatia käyttämällä julkisia tietokantoja sekä suuria vuorovaikutusverkostoja, kuten proteiini–proteiini -vuorovaikutuksia, geeniregulointiverkkoja tai metaboliikkaverkkoja. Ne voivat olla suuntautuneet tai suuntaamattomia, painotettuja tai ei-painotettuja. Filtteröinti voi perustua luotettavuuteen, vuorovaikutustyppiin ja kontekstiin (esim. kudos tai soluryhmä), sekä rajata verkkoa tiettyyn sovellusalueeseen.

Käyttötarkoitukset: Taustaverkkoja käytetään referenssinä tilastollisessa analyysissä, kuten rikastumis- ja topologia-analyyseissä, sekä verkon propagaatiossa ja moduulien tunnistamisessa. Niiden avulla havaittu kohdeverkko voidaan verrata odotettuun ja erottaa merkittäviä yhteyksiä taustakontekstin valossa.

Rajoitteet: Taustaverkkojen laatu ja kattavuus vaikuttavat tuloksiin; ne voivat sisältää virheitä, olla kontekstisidonnaisia tai olla epätäydellisiä. Siksi käytetty taustaverkko on valittava huolellisesti ja analyysit on dokumentoitava selkeästi.