Spesialvarianter

Spesialvarianter er en betegnelse som brukes innen genetikk for genetiske varianter som har særegne eller særlig betydningsfulle egenskaper utover vanlig naturlig variasjon i DNA. En spesialvariant kan være knyttet til sykdom, ha sterk effekt på et protein eller uttrykk, eller være spesielt vanlig i en bestemt befolkningsgruppe (grunnleggervariant). Begrepet er ikke universelt standardisert, men brukes i kliniske tester og forskningsprotokoller som en måte å markere særegne varianter på.

Identifikasjon og klassifisering: Spesialvarianter identifiseres primært gjennom DNA-sekvensering (exome eller hele genomet) og omfattende annotering i databaser og litteratur. Klassifikasjonen kan omfatte patogene eller sannsynlig patogene varianter, grunnleggervarianter, regulatoriske varianter som påvirker genuttrykk, eller somatiske varianter i kreft som driver sykdommen. Dersom en variant har dokumentert funksjonell effekt eller en assosiasjon til sykdom, anses den ofte som en spesialvariant. Vurdering av patogenitet baseres på populasjonsfrekvenser, kliniske rapporter, funksjonelle studier og in silico prediksjoner.

Betydning og anvendelse: Spesialvarianter er sentrale i klinisk genetikk for diagnose og risikostratifisering, i personlig medisin og i farmakogenomikk der individuelle varianter påvirker medikamentrespons. De spiller også en rolle i befolkningsforskning for å forklare sykdomsforekomst i bestemte grupper. Utfordringer inkluderer varierende penetrans, fenotypisk uttrykk og usikker tolkning av varianter med usikker betydning (VUS).

Relaterte begreper: Bruken av termen overlapper med, men er ikke identisk med, begrepene patogen variant, variant med usikker betydning (VUS), grunnleggervariant og regulatorisk/splice-variant. Bruken varierer mellom institusjoner og databaser.