Promoterit

Promoterit ovat termi, jota käytetään kahdessa päämerkityksessä genomiikassa ja katalyyttisessä kemiassa. Genetiikassa promoteri tarkoittaa DNA-sekvenssiä, joka käynnistää tai säätelee transkriptiota RNA:ksi. Katalyytin yhteydessä promoteri on aine tai komponentti, joka parantaa katalyytin aktiivisuutta, valikoivuutta tai kestävyyttä lisättynä katalyytin seokseen.

Gene promoterit sijoittuvat genomin lähelle koodavaa aluetta, ja niiden tarkka sijainti määrittää transkriptioiden alun. Bakteerien promoterit sisältävät usein -35 ja -10 laatikot, jotka sitovat RNA-polymeraasin holoentsyymiä. Eukaryoottien promootio on monimutkaisempi ja voi sisältää TATA-laatikon sekä Inr- ja DPE-elementtejä sekä muita säätelyalueita. Promootorin vahvuus riippuu sekä sen sekvenssistä että sidottujen transkriptiofaktoreiden määrästä; solun tila ja kehitysvaihe vaikuttavat aktiivisuuteen.

Promootori katalyysissä tarkoittaa ainetta, joka ei itse ole reaktiopaikka, mutta muuttaa katalyytin ominaisuuksia. Yleisiä promootoreita ovat alkali- ja maa-alkalimetallit sekä joidenkin promootiohybridi- tai hapetus-lementtien lisäaineet, jotka voivat lisätä aktiivisuutta, parantaa valikoivuutta tai estää sinteröitymistä. Promootorit voivat vaikuttaa happamuuteen, elektroniseen ympäristöön tai tukisijainnin vuorovaikutuksiin, jolloin syntyy parempi reaktioväline.

Promootorien paikantamisen ja karakterisoinnin tutkimus yhdistää bioinformatiikan ja kokeelliset menetelmät. Gene promoterit kartoitetaan usein TSS:n määrittämisellä (esim. primer extension, 5' RACE) sekä ennusteilla, kun taas katalyyttisissä sovelluksissa promootorin vaikutuksia mitataan aktiivisuudella, valikoivuudella ja kestävyyden mittauksilla.