Kopiolukujen

Kopiolukujen vaihtelu, usein sanottu CNV:inä (copy number variations), viittaa genomissa havaittaviin poikkeaviin kopiolukumääriin tietyillä alueilla. Ihmisen diploidissa genomissa kummankin autosomaalisen alueen normaalisti on kaksi kopiota, mutta yksilöt voivat poiketa tästä.

CNV:t voivat sisältää suuremman tai pienemmän määrän kopioita, ja niiden koko vaihtelee muutamasta kilobaasista megabasiin. Ne voivat olla periytyviä tai syntyä satunnaisesti (somatisesti), ja ne ovat tyypillisesti deleetioita (poistuma) tai duplikaatioita (lisäkopioita).

CNV:t muodostavat merkittävän osan ihmisen genomisen vaihtelun kokonaisuutta; suurin osa niistä on yleensä harmittomia. Osa CNV:stä voi kuitenkin vaikuttaa geenien toimintaan ja liittyä kehityshäiriöihin, neuropsykiatrisiin tiloihin tai muihin sairauksiin. Eri henkilöillä CNV:illä voi olla erilainen vaikutus fenotyyppiin ja vastauksiin hoidoille.

Diagnostiikassa CNV:t havaitaan usein DNA-analyysillä käyttämällä array-CGH-tekniikkaa, SNP-pohjaisia mikrosiruja tai sekvensointia. Analyyseissä hyödynnetään read depth -lähestymistapoja sekä split-read- ja kartoitusanalyysiä. Tulkinnoissa käytetään luokitusta: patogeeninen, todennäköisesti patogeeninen, VUS (vaiheittain epävarma) ja benign. Tietokannat kuten Database of Genomic Variants (DGV) sekä ClinVar ja DECIPHER tukevat tulkintaa.

Kopiolukoiden vaihteluun liittyy sekä geneettinen että klininen merkitys, ja niiden tutkimus yhdistää perinnöllisyystieteen, genomianalyysin ja kliinisen genomianterveyden.