Genotyypinanalyysimenetelmistä

Genotyypinanalyysimenetelmistä on joukko tekniikoita, joita käytetään organismon geneettisen koostumuksen eli genotyypin selvittämiseen. Nämä menetelmät ovat keskeisiä perinnöllisyyden, sairauksien syiden, kasvinjalostuksen ja evoluution tutkimuksessa. Yleisimpiä menetelmiä ovat DNA-sekvensointi, genotyypitys siruilla ja PCR-pohjaiset tekniikat.

DNA-sekvensointi, kuten Sanger-sekvensointi ja uuden sukupolven sekvensointitekniikat (NGS), määrittää DNA-molekyylin nukleotidijärjestyksen. Tämä antaa yksityiskohtaista tietoa geeneistä ja niiden vaihteluista. Genotyypitys siruilla, kuten SNP-sirut, mahdollistaa tuhansien tai jopa miljoonien tunnettujen geneettisten varianttien, kuten SNP:iden (single nucleotide polymorphism), analysoinnin samanaikaisesti yhdestä näytteestä. Nämä menetelmät soveltuvat erinomaisesti suurten populaatioiden tai monimutkaisten geneettisten tutkimusten tekemiseen.

Polymeraasiketjureaktio (PCR) on monipuolinen tekniikka, jota voidaan käyttää tiettyjen DNA-alueiden monistamiseen ja tunnistamiseen. PCR:ää hyödynnetään monissa genotyypitysmenetelmissä, kuten RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) ja fragmenttianalyysissä. Nämä menetelmät perustuvat DNA-molekyylien erikokoisten fragmenttien tunnistamiseen ja kvantifiointiin. Valitun genotyypinmääritysmenetelmän valinta riippuu tutkimuskysymyksestä, vaadittavasta tarkkuudesta ja käytettävissä olevista resursseista.