FISHmeetodid

FISHmeetodid tähistab fluorescence in situ hybridization (FISH) meetodite rühma, mille abil märgistatakse fluoresentsmärgiga DNA või RNA-probe ja hübriidiseeritakse see vastavasse nucleic hüdriiditsoonidesse fikseeritud rakkudes või kudedes. Proovid misubnevad vastava järjestusega ja signaalid vaadatakse läbi fluoresentsmikroskoobi. Meetodid võimaldavad konkreetsete genoomi piirkondade või geenide asukoha määramist, kromosoomide restruktureerimise avastamist ning geeniekspressiooni paikset hindamist.

DNA-FISH ja locus-spetsiifiline FISH kasutavad DNA-probe, et tuvastada konkreetseid genoomi piirkondi. Mitmefluorofornide (M-FISH) või SKY-tehnika abil saab värvida kõiki kromosoome eri värvides ning avastada kromosoomide ümberkorraldusi suurel skaalal. Fiber-FISH mapib DNA molekuli pikkuse ulatuses, pakkudes kõrget eraldusvõimet järjestuste positsioneerimisele. Interphase-FISH teostatakse mitte jagunevates rakkudes, võimaldades uuringuid, kus kromosoomide korraldus pole seotud jagunemise faasiga.

RNA-FISH kasutab RNA-probe ning sobib geenide ekspressiooni ja subtsellulaarsete lokaliseerumiste hindamiseks. Sellele järgivad arendusvariandid nagu smFISH ja RNAscope, mis võimaldavad üksikute RNA-molekulide detekteerimist ja tugevduvat signaalivialdust.

Rakendus ja piirangud: FISH-meetodeid kasutatakse peamiselt kliinilises diagnostikas (nt onkoloogia, katiivse kromosoomide kõrvalekalded, pre-nataaldiaagnostika) ning uurimistöös. FFPE-proovide puhul on võimalik teha, kuid nõuab spetsiifilist ettevalmistust. Piirangutena on piiratud multiplexing ja signaali eraldusvõime, vajadus spetsialiseeritud mikroskoopia ja analüüsi jaoks ning proovi kvaliteet mõjutab tulemusi.